Los desechos sanitarios son aquellos generados por las casas de salud que son denominados como "infecciosos". La EMGIRS-EP realiza el tratamiento de dos tipos de desechos sanitarios: los incinerables que son tratados en una planta contratista, la cual se encarga de quemar los desechos hasta que se conviertan en ceniza.
Por otro lado, se ubican los desechos que necesitan del tratamiento térmico, mismos que son ingresados a cada uno de las autoclaves ubicados en la Planta de Tratamiento de Desechos Sanitarios del Relleno Sanitario y una vez esterilizados, son llevados a la celda de disposición final.